Samuel e Megan, agenti speciali dell'FBI, hanno sempre svolto le loro indagini tenendo la mente bene aperta a ogni possibilità, perchè il loro settore è preposto a indagare su qualcosa a cui molti stentano a credere: la presenza aliena sulla Terra. Quando le loro indagini li porteranno a una svolta definitiva, e la direttrice del Bureau confesserà di essere da tempo a conoscenza di certe sconcertanti verità, dovranno prendere atto che la situazione è ben oltre le loro previsioni. La vita aliena sul nostro mondo non è solo una realtà, ma anche un pericolo imminente, che minaccia gli esseri umani e la loro società. Per contrastare il nemico, verrà creata una sezione distaccata, denominata Black Section, ma se intendono prevalere, gli umani dovranno mettere insieme un'unità speciale, formata da individui straordinari. Selezionarli e reclutarli è il compito che attende i due agenti. Proprio quando il progetto sta prendendo corpo, un inaspettato visitatore arriverà sulla Terra, portatore di un'offerta di pace e latore di un catastrofico presagio di guerra.