Fatima, 13 luglio 1917. La Signora, avvolta in un bagliore che sembra risplendere più del sole, appare a tre poveri pastorelli e affida loro il suo messaggio. La gente si affolla intorno ai tre ragazzini, ansiosa di conoscere le parole della Vergine. Ma loro continuano soltanto a ripetere: «È un segreto… È un segreto…»
Città del Vaticano, oggi. Clemente XV è vecchio e stanco. Sa bene di essere soltanto un papa di «transizione» ed è consapevole del fatto che, tra i cardinali, sono già in atto silenziose manovre per individuare il suo successore, manovre che si orientano soprattutto sul cardinale Alberto d’Andrea, il segretario di Stato, un uomo di enorme potere e influenza. Ma c’è un altro problema che lo opprime e che sembra indurlo a scendere sempre più spesso nella Riserva, la stanza dell’Archivio Segreto Vaticano alla quale solo il papa può accedere. Colin Michener, suo fidato segretario e amico, ha da tempo avvertito l’inquietudine del pontefice ed è dunque con una certa preoccupazione che accetta di portare a termine una missione riservata: deve recarsi subito in Romania e portare un messaggio ad Andrej Tibor, il prete che ha tradotto il testo del Terzo Segreto di Fatima e lo ha consegnato nelle mani di Giovanni XXIII. Ma quello che Michener non sospetta è che d’Andrea è a conoscenza dei tormenti del papa e vuole avvantaggiarsene nella corsa al soglio pontificio: l’ambizioso cardinale convince Katerina Lew, la donna che ha vissuto un’intensa e ambigua storia d’amore con l’allora giovane Michener, a riallacciare i rapporti col segretario papale per poterlo sorvegliare. Nel frattempo, Michener incontra padre Tibor, che gli consegna una lettera per Clemente XV e con poche parole enigmatiche getta una luce sinistra sul vero significato del Terzo Segreto, su qualcosa di diverso dall’interpretazione resa pubblica da Giovanni Paolo II… Intrappolato in una rete d’inganni, di tradimenti e di delitti, Michener si rende subito conto che quel mistero può decidere il futuro della Chiesa e inizia così una ricerca che lo porterà dagli archivi vaticani a Medjugorje, in Bosnia, fino alla città natale di Clemente, in Germania. Ma fino a che punto può spingersi un uomo di chiesa per compiere la volontà di Dio?